في حرب 1948 تعاون أهل البلدة مع الجيش المصري واستطاعوا عقد هدنة واستعادة بلدتهم ولكن قضي عدد كبير من أهلها نحبه في هذه الحرب، وهم مدفونين في مقبرة البلدة. إلا أن نصف البلدة كان في أراضي الضفة الغربية من الأردن، والنصف الآخر وقع في ما كان يسمى بالمنطقة الحرام (No man's land)، ولكن بعيد حرب 1967 أزيل الحاجز بين قسمي القرية لتعود القرية وحدة واحدة كما كانت.
في العام 1596 ظهرت بيت صفافا في سجلات الضريبة العثمانية في أنها تقع ناحية لواء القدس. كان تعداد بيوت أهلها المسلمين 41 بيتا دفعوا الضريبة عن ناتج القمح والشعير والزيتون والعنب والأشجار المثمرة والماعز وخلايا النحل.