بني المسجد على غرار المسجد النبوي في المدينة وهو ذو تخطيط مستطيل يبلغ طوله نحو 157 مترا وعرضه 100 متر ويتكون من صحن مكشوف يقع في جانبه الغربي قبة بيت المال التي تقوم فوق 8 أعمدة جرانيتية وقبتين أخريين وصفهما ابن جبير أجمل وصف ويحيط بالصحن أربعة أروقة أكبرها رواق للقبلة الجنوبي الذي يبلغ طوله حوالي 157 مترا ويتكون من ثلاث بلاطات بائكتها موازية لجدار القبلة وتتكون البائكات من صفين من العقود وتحملها أعمدة رخامية ويبلغ ارتفاع الأعمدة وعقودها 15 متر ويغطي البلاطات سقف جمالوني ويقطع البلاطات الثلاث مجاز قاطع يرتفع سقفه عن سقف باقي البلاطات بحوالي 8 متر ويغطيه أيضا سقف جمالوني وبالمجاز قبة حجرية تعرف بقبة النسر ويضم رواق القبلة 4 محاريب أقدمها محراب المالكية أو محراب الصحابة وهو أول محراب في الإسلام.
أما باقي الأروقة الشمالي والشرقي والغربي فيتكون كل منها من بلاطة والبائكات التي تطل على الصحن تقوم على أعمدة ودعامات بمعدل عمود بين كل دعامتين وعقود البائكات على شكل حدوة الفرس يعلوها صف من النوافذ في كل عقد نافذ ثاني.
أما باقي الأروقة الشمالي والشرقي والغربي فيتكون كل منها من بلاطة والبائكات التي تطل على الصحن تقوم على أعمدة ودعامات بمعدل عمود بين كل دعامتين وعقود البائكات على شكل حدوة الفرس يعلوها صف من النوافذ في كل عقد نافذ ثاني.