وللجامع 9 أبواب منها: باب جيرون أو باب الساعات في الشرق وباب العمارة أو باب الفراديس الذي يعرق الآن باسم باب الكلاسة وباب البريد في الغرب ويعرف الآن باسم المسكية وهي تفتح على الصحن والباب الكبير وباب الزيادة في الجنوب وكلاهما يفتح على رواق القبلة , وبالجامع ثلاث مآذن أهمها منارة العروس وتقع في منتصف الجدار الشمالي وتجاور باب العمارة وهي من إنشاء الوليد بن عبد الملك وينتهي رأس المئذنة بساعة تضبط على دقاتها أوقات مساجد دمشق كلها ومواعيد الآذان وهو أول مسجد استخدمت فيه المآذن للآذان يليه جامع عمرو بن العاص بمصر سنة 53هـ ومن مآذنه أيضا المئذنة الشرقية المعروفة بمئذنة عيسى أو بالمئذنة البيضاء والمئذنة الغربية وكلتاهما أنشئت على أساس الصومعتين الرومانيتين القديمتين وقد كان لمآذن المسجد الأموي الكبير الأثر الأكبر في عمارة المآذن المربعة في المغرب العربي ولازالت تسمى بالصومعة.