من أهم الفروق الجوهرية بين الرقابة الداخلية والاستشارات التي تتولاها مكاتب الخبرة ما يلي:
1- الأهداف:
نطاق الرقابة الداخلية أوسع من نطاق الاستشارات الخاصة.
2- الاستمرارية:
عمل الرقابة الداخلية مستمر ومرتبط بأداء وظيفة من وظائف المنشأة، بينما عمل الاستشارات موقوت، وينتهي بانتهاء المهمة المكلف بها.
3- الجهة:
يقوم بأعمال الرقابة الداخلية موظفون من داخل المنشأة نظير أجر أو راتب أو مكافأة، بينما يقوم بأعمال الاستشارات مكاتب خبرة واستشارات من خارج المنشأة نظير أتعاب محددة.
4- ضوابط العمل:
يضبط عمل الرقابة الداخلية مجموعة من القواعد الواردة في لوائح ونظم العمل بالمنشأة، بينما يضبط عمل الاستشارية الشروط الواردة في عقد الارتباط.
5- الاستقلالية:
يتمتع مكتب الخبرة والاستشارات بالاستقلالية، بينما لا تتوافر بنفس القدرة في الرقابة الداخلية وإن كانت مطلوبة.