جدد المسجد على يد السلطان نور الدين زنكي كما أعيد ترميمه أيام الملك المنصور عام 408هـ الذي أعاد بناء ما تداعى منه ويلاحظ ذلك في التحوير الذي تم بناء القبة ورقبتها ونوافذها وقد كسي جدران المسجد أيام المماليك بألواح القيشاني من قطع الفسيفساء الأصيلة التي كانت تزينه عندما شيد أيام الخليفة الأموي الوليد بن عبد الملك ولا زال المسجد ينال تقدير وإعجاب مؤرخي العمارة والسياح برغم مضي 14 قرنا على بنائه.