حاليا لدى مصرف الإمارات العربية المتحدة المركزي خمسة أفرع، وسبع دوائر، وخمسة أقسام، ووحدتان ومكتب للخطورة المالية.
المقر الرئيسي للمصرف في مدينة أبوظبي.
وتقع الأفرع الربعة الأخرى في كل من دبي، والشارقة، ورأس الخيمة، والفجيرة والعين.
تسهل هذه الأفرع التعاملات ما بين البنوك وما بين البنوك والمصرف المركزي.
وينقسم كل فرع إلى ثلاثة أجزاء رئيسية وهي:
- العمليات المصرفية.
- المحاسبة.
- الشؤون الإدارية.
- العمليات المصرفية.
- المحاسبة.
- الشؤون الإدارية.