شركات الطيران الأكثر نشاطا في مطار جون إف كينيدي الدولي.. الطيران الصيني للشحن الجوي، الجوية الفرنسية، إيه بي أكس، إيرو لوجك. أسيانا الجوية، أستار للشحن الجوي، طيران أطلس، كال الجوية للشحن

تستخدم مطار كينيدي أكثر من 100 شركة طيران للشحن الجوي وتشمل:
- الطيران الصيني للشحن الجوي.
- الخطوط الجوية الفرنسية.
- طيران إيه بي أكس.
- إيرو لوجك (تبدأ عملياتها منتصف 2009).
- خطوط أسيانا الجوية.
- أستار للشحن الجوي.
- طيران أطلس.
- خطوط كال الجوية للشحن.
- كارجولوكس.
- كاثاي باسيفيك للشحن.
- الخطوط الجوية الصينية.
- دي إتش إل.
- طيران إيفا.
- خطوط إفرجرين الجوية الدولية للشحن.
- خطوط نيبون الجوية للشحن.
- فيديكس إكسبريس.
- الخطوط الجوية اليابانية.
- طيران كاليتا.
- كوريا للطيران.
- الملكية الأردنية.
- لوفتهانزا للشحن.
- سكاي لاين أفياشن.
- المتحدة للنقل الجوي.
- يو بي إس.
- طيران ساوثيرن.