هناك طرق لتشفير التوقيع الإلكتروني الرقمي.
ويعد التشفير إجراء يؤدي إلى توفير الثقة في المعاملات الإلكترونية.
وسواء كان التشفير سيمتري Symétrique أو التشفير بطريقة المفتاح العام فهدفها يصب في شيء واحد وهو ضمان الأمانة في المعاملات الإلكترونية.
ولضمان الأمان في عملية التشفير الخاصة بالتوقيع الإلكتروني فقد وجدت طرف ثالث في عملية التجارة الإلكترونية يكون محل ثقة الأفراد، ويتمثل في هيئة مختصة يكون لها سلطة إشهار وتوثيق التوقيع الإلكتروني.
وهذا الشخص الثالث طرف محايد اعترف به التوجه الأوربي رقم 1999/93 في شان إطار التوقيع الإلكتروني، وكذلك مشروع قانون التجارة الإلكترونية المصري، وقانون التجارة الإلكترونية التونسي والأمريكي.
