قبل قيام دولة الفونج أو في مستهلها اتخذ الشيخ البنداري الحلفاية مقراً لتعليم القرآن الكريم، كما درس فيها إدريس ود الأرباب، كما شهدت جهود أبناء عون الضرير لإنشاء المساجد والخلاوى وتعليم القرآن فيها. ومن أبرزها خلوة أبناء الفقيه أبو سرور الفاضلي، كما أشتهر مسجد الحلفايا باستقطاب العديد من المشائخ والذين درسوا فيه لأوقات طويلة منهم موسي الجعلي وحمد بن حميدان وضيف الله، وكانت العلوم الأساسية فيه القرآن الكريم وعلوم الشريعة.