إن فيروس حصان طروادة يعمل كما يشير إليه إسمه، مثل الجيش الذي هاجم مدينة طروادة الأسطورية حيث إختفوا داخل حصان خشبي قدم كهدية للملك كعربون صلح، و ما إن حان الأوان خرج الجيش ودمر كل شيء ومنه استلهم مبرمج هذا الفيروس فيروس حصان طروادة، حيث يختفي هذا الأخير في البرنامج الأصلي للمستخدم وعندما يتم تشغيل هذا البرنامج يبدأ هذا الفيروس نشاطه التدميري ومن آثاره السيئة القيام بتعديل البرامج وتحريف المعلومات مع محو بعضها وقد يصل إلى حد تدمير النظام بأكمله.