في سنة 163هـ/780م عمر المسجد على يد الخليفة المهدي نتيجة لزلزال آخر وبلغ عدد أروقة ظلة القبلة 15 رواقا عمودية على جدار القبلة أعرضها الرواق الأوسط كما يوجد بائكتان مستعرضتان تسيران قرب جدار القبلة وتوازيانه تمنع التقاء الأروقة بالجدار والرواق الأوسط من الأروقة يغطيه سقف جمالوني تعلوه قبة فوق المحراب كما غطي السقف بصفائح من الرصاص.