تضم جامعة جامعة محمد الأول في وجدة مراكز الأبحاث التالية:
- مركز الدراسات حول حركات الهجرة المغاربية.
- المركز الجامعي للأبحاث الأركيولوجية.
- مركز الشرق للعلوم والتكنولوجيا.
- مركز الدراسات والبحوث الإنسانية والاجتماعية وجدة.
- المركز الجامعي للغات والتواصل.