شهدت الجامعة في السنوات التالية للتأسيس إنشاء عدد من الكليات لتنضم إلى سابقاتها التي شكلت نواة الجامعة، وهي: الآداب و العلوم، و التربية، و إدارة الأعمال، و الهندسة.
ففي مايو من العام 1990م، أصدر مجلس أمناء الجامعة قراراً يقضى بفصل كلية الآداب عن كلية العلوم إلى كليتين مستقلتين.
وأصدر المجلس في مارس من العام 2002م قراراً يقضي بإنشاء كليتين مستقلتين هما: الحقوق، و تقنية المعلومات.
كما أصدر المجلس في فبراير من العام 2005م قراراً يقضي بإنشاء كلية التعليم التطبيقي.
وتحتضن الجامعة كلية البحرين للمعلمين ككلية مهنية بموجب اتفاقية وقعتها في شهر مارس من العام 2008م.
والكلية إحدى المبادرات الرئيسة للمشروع الوطني لتطوير التعليم والتدريب التي انطلقت بقرار من صاحب السمو الملكي الأمير سلمان بن حمد آل خليفة وليِّ العهد نائب القائد الأعلى النائب الأول لرئيس مجلس الوزراء.
وفي أغسطس من العام 2011م أشهر مجلس الأمناء كلية التربية الرياضية والعلاج الطبيعي.
وأحدث الكليات المنضمة إلى الجامعة، هي كلية العلوم الصحية، وهي مؤسسة أكاديمية وطنية أنشئت عام 1976م من قبل وزارة الصحة، وقد انضمت للجامعة في 30 أكتوبر 2011م.
ففي مايو من العام 1990م، أصدر مجلس أمناء الجامعة قراراً يقضى بفصل كلية الآداب عن كلية العلوم إلى كليتين مستقلتين.
وأصدر المجلس في مارس من العام 2002م قراراً يقضي بإنشاء كليتين مستقلتين هما: الحقوق، و تقنية المعلومات.
كما أصدر المجلس في فبراير من العام 2005م قراراً يقضي بإنشاء كلية التعليم التطبيقي.
وتحتضن الجامعة كلية البحرين للمعلمين ككلية مهنية بموجب اتفاقية وقعتها في شهر مارس من العام 2008م.
والكلية إحدى المبادرات الرئيسة للمشروع الوطني لتطوير التعليم والتدريب التي انطلقت بقرار من صاحب السمو الملكي الأمير سلمان بن حمد آل خليفة وليِّ العهد نائب القائد الأعلى النائب الأول لرئيس مجلس الوزراء.
وفي أغسطس من العام 2011م أشهر مجلس الأمناء كلية التربية الرياضية والعلاج الطبيعي.
وأحدث الكليات المنضمة إلى الجامعة، هي كلية العلوم الصحية، وهي مؤسسة أكاديمية وطنية أنشئت عام 1976م من قبل وزارة الصحة، وقد انضمت للجامعة في 30 أكتوبر 2011م.