يتبع وكالة الجامعة:
- عمادة التقويم والجودة.
- عمادة تطوير التعليم الجامعي.
- الإدارة العامة للدراسات والمعلومات.
- معهد الملك عبدالله للترجمة والتعريب.
- المركز السعودي لدراسات وأبحاث الوقاية من المخدرات والمؤثرات العقلية.
- إدارة المتابعة.
- مركز الوثائق.
- إدارة الشؤون العامة.